Người ta biết được rất ít thông tin về Sei Shōnagon, tất cả những gì ta biết đều dựa trên những văn bản mà bà viết. Bà là con gái của Kiyohara no Motosuke, một học giả và nhà thơ waka nổi tiếng, là một viên quan cấp tỉnh. Ông nội của bà, Kiyohara no Fukayabu cũng là một nhà thơ waka. Gia đình của bà là những quý tộc bậc trung và gặp nhiều khó khăn về tài chính, có thể vì họ không được ban cho một chức quan có bổng lộc cao.

Bà kết hôn cùng Tachibana no Norimitsu, một viên quan trong triều đình ở tuổi 16, và sinh một con trai, tên là Norinaga. Năm 993, ở tuổi 27, khi bà bắt đầu phục vụ trong phủ của Hoàng hậu Teishi, vợ của Thiên hoàng Ichijō, bà có thể đã li hôn. Khi kết thúc thời gian phụng sự trong triều đình, bà có thể đã kết hôn với Fujiwara no Muneyo, thống đốc tỉnh Settsu, và có một con gái tên là Koma no Myobu, mặc dù một vài bằng chứng gợi ý rằng bà đã xuất gia làm ni cô.[3]

Sato Hiroaki đặt nghi vấn liệu nữ quan Sei và Norimitsu có thực sự kết hôn không, hay chỉ là những người bạn thân, "các nam và nữ quan trong triều đình trêu chọc họ bằng cách gọi ông này là người anh lớn và bà là người em gái bé nhỏ."[4]